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环境与发展动态
基因分型“芯片”将促进珊瑚保护行动
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2020年8月27日，《科学报告》（Scientific Reports）期刊发表了一项由美国国家科学基金会（NSF）资助的关于新型芯片的研究，指出该芯片将帮助研究人员通过基因方式识别珊瑚以及存在于珊瑚细胞中的共生藻类，这对于珊瑚礁恢复行动中的遗传多样性建立和维持而言非常重要。
由于海洋变暖，全世界的珊瑚都受到了威胁。该基因分型芯片的设计目的是用于珊瑚礁的恢复和保护工作。该芯片也称为微阵列，使用了3万多个单核苷酸多态性（SNP），SNP表示珊瑚基因组中不同位置的珊瑚单个DNA字母也各不相同。
对于珊瑚等通过无性繁殖形成大量种群的动物而言，对其基因类型进行标准化识别很有必要。研究人员因此开发了基于杂交的高分辨率基因类型阵列，并结合了针对特殊珊瑚属、鹿角珊瑚属及其共生体的分析工作流程和数据库。为了研究从加勒比海两种鹿角珊瑚物种及其主要的共生体甲藻中获得的基因组数据，研究人员设计了能够共同分析基于双等位基因的SNP标记物宿主和共生体阵列。SNP用于解析宿主（称为基株）和共生体（称为菌株）的多基因组基因类型，区分宿主种群并确定加勒比海鹿角珊瑚之间杂交珊瑚的祖先。尽管该芯片最初是针对加勒比海珊瑚设计的，但也可以用于太平洋珊瑚物种的分析。研究人员可以使用SNP基因位点的一个子集对太平洋鹿角珊瑚进行基因分型，通过添加标记物，还可以检测Breviolum，Cladocopium和Durusdinium这三个属的共生体。
NSF海洋科学部表示，这项技术对于珊瑚修复领域而言，将产生变革性的影响，因为它将帮助科学家有效追踪并监测抗病珊瑚及其共生体。另外，该芯片及其包含的在线分析有助于珊瑚生物多样性遗传识别手段的普及，从而帮助无法获得提取DNA和分析数据所需的实验室和计算资源的生物学家使用该芯片。 （薛明媚，王金平 编译）
来源：中国科学院兰州文献情报中心《资源环境科学动态监测快报》2020年第18期
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